Bioinformatik-kort forløb - Arbejdsopgaver

(Husk at lave spørgsmål om mutations-slideren)

Netlogo Intro:

Download

Faneblade + settings + speed

Code + check-knap

Åbn model:

Forklar ”Setup” og ”go”

Forklar evt design principperne for interface i Netlogo

Forventet tidsforbrug: 20 min.

”Fri leg” med simuleringen

Forventet tidsforbrug: 20 min.

Arbejdsopgaver:

Forventet tidsforbrug: 60 min.

Start simuleringen ved at trykke "Setup". Observer hvad der sker. Tryk dernæst på "Add string" og observer hvad der sker i simuleringen.

Opgave 1: Hvilke elementer indeholder modellen? Hvad repræsenterer disse elementer?

Forklar for hinanden (i grupper á 2) hvad der foregår i simuleringen og overvej om der er mangler elementer eller der er forkerte elementer. Tegn og skriv forklaringen på whiteboard. Brug så mange fagbegreber som muligt. Notér gruppens bemærkninger (f.eks. om der mangler elementer i modellen) på whiteboardet.

Tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "1") i filnavnet.

Opgave 2: Prøv at ændre antallet af DNAbaser i den nederste DNA streng til flere.

Opgave 3: Prøv at forbedre modellen ved at ændre basernes farve. Beskriv på whiteboardet hvorfor I har valgt netop disse farver og hvorfor det er en forbedring?

Tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "2") i filnavnet.

Opgave 4: Prøv at sætte hastigheden "normal speed" til "slower" samt knappen med "on ticks" til "continuous". Prøv derefter at trykke på "setup". Observer hvordan den nederste DNA streng bliver dannet. Tryk "setup" flere gange for at få et grundigt indtryk af hvordan den nederste DNA streng dannes. Hvilken del af koden under fanebladet "Code" beskriver dette? Hvorfor?

Skriv jeres svar på whiteboardet og tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "3") i filnavnet.

Opgave 5: En biolog/bioteknolog vil gerne have modellen til at simulere en DNA streng udelukkende med baserne "grøn, gul, hvid", som en streng af gentagelser i nævnte rækkefølge. Hvilken af nedenstående kode-dele tror I beskriver netop dette? Hvorfor?

XXX

Opgave 6: Prøv at kopiere den valgte kode-del ind i koden under fanebladet "Code" i stedet for den setup procedure der står der i forvejen. Check om den ønskede ændring sker i "Interface" når I trykker "Setup". Er det en relevant ændring i modellen i forhold til hvad I ved om bioinformatik? Hvorfor/hvorfor ikke?

Skriv jeres svar på whiteboardet og tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "4") i filnavnet.

4. UI vs. kode:

UI elementer: beskriv virkemåde

Kode: identificér og forklar.

”watch/follow” en agent

Nedsæt hastigheden

Visualiér en fejl/ uhensigtsmæssig visualisering eller adfærd.

5. Kode:

forstå udvalgt del

ændre udvalgt del

Opgaver:

Orientér dig i "Code" og forsøg at få et overblik over opdeling og funktion af de forskellige afsnit.

Opgave 5b: Prøv at lave en ændring i koden, som man kan se i simuleringen. Gem ændringerne fra T3 og T4 som en .nlogo fil med dit navn/gruppenavn på. Send den til konferencen/mail.

Forventet tidsforbrug: 60 min.

Nedenstående er kun udkast, og ikke arbejdsopgaver til eleverne.

Idéer til elevopgaver:

1. Giv tre mulige udgaver af en tilføjelse til programmet. Vælg den rigtige.

2. Giv en beskrivelse i tekst af en tilføjelse til simuleringen. Giv også en kode-del for denne tilføjelse – viser den det samme og hvorfor?

3. Hvilken del i modellen stemmer overens med, hvad vi ved om bioinformatik/cellemembranen?

4. Hvilken del i modellen stemmer ikke overens med hvad vi ved om bioinformatik/cellemembranen?

5. Giv et stykke kode. Bed eleverne beskrive med egne ord, hvad simulationen vil vise.

6. Hvilke elementer indeholder modellen? Vælg en af disse elementer. Hvilke egenskaber har elementet, og hvilke værdier (evt. Hvilken opførelse har elementet?)?

7. Hvilke elementer indeholder modellens interface? Hvad repræsenterer disse elementer?

8. Udforsk mulighederne i modellens interface: “hvis vi ændrer … til … ser vi at …”.

Bioinformatik (inspireret af Berland & Reiser (hhv. Texas og Northwestern), 2010: Classroom communities’ adaptation of the practice of scientific argumentation):

9. Kig på en specifik del af koden og beskriv den med pseudokode. Brug whiteboardet og tag et billede af den.

10. Vælg en anden gruppes billede. Argumentér for hvorfor denne gruppe har brugt netop denne pseudokode. Beskriv dette på arbejdsarket.