Bioinformatik-kort forløb - Arbejdsopgaver
Download af og introduktion til NetLogo som program (tre faneblade, settings, speed, check…).
Desuden åbning af filen med simuleringen i programmet NetLogo.
Forventet tidsforbrug: 20 min.
Introduktion til og fri leg med simulering.
Forventet tidsforbrug: 20 min.
Husk at lave spørgsmål om mutations-slideren
Husk at lave spørgsmål om antal baser
1. Netlogo Intro:
Download
Faneblade + settings + (GUI)
Code + check-knap
2. Åbn model:
Forklar ”Setup” og ”go”
Forklar evt design principperne for interface i Netlogo
”Fri leg” med simuleringen
(Evt. Minilege ex.)
3. model vs. Fag:
forklar simuleringen med fagbegreber
forbedringspunkt: (Skal motivere dem til at kigge i koden)
UI oplevelse? / Faglig model (hvad mangler?)
Modellens rækkevidde i forhold til den faglige teori
4. UI vs. kode:
UI elementer: beskriv virkemåde
Kode: identificér og forklar.
”watch/follow” en agent
Nedsæt hastigheden
Visualiér en fejl/ uhensigtsmæssig visualisering eller adfærd.
5. Kode:
forstå udvalgt del
ændre udvalgt del
Opgaver:
Start simuleringen ved at trykke "Setup". Observer hvad der sker. Tryk dernæst på "Add string" og observer hvad der sker i simuleringen.
Opgave 1: Forklar hinanden (i grupper á 2) hvad der foregår i simuleringen?.
Tegn og skriv forklaringen på whiteboard. Brug så mange fagbegreber som muligt. Notér gruppens bemærkninger (f.eks. problemer med simuleringen) på whiteboardet. Tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "1") i filnavnet.
Opgave 2: Prøv at ændre antallet af DNAbaser i den nederste DNA streng til flere.
Opgave 3: Kig i fanebladet "Code" og identificer hvor basernes farve defineres.
Opgave 4a: Der kunne være en fordel i at ændre farven på baserne, hvorfor? Forklar dette på whiteboardet. Tag et billede af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt af 2) i filnavnet.
Opgave 4b: Prøv at ændre basernes farve så man kan se den hvide ”dot” tydeligere.
Orientér dig i "Code" og forsøg at få et overblik over opdeling og funktion af de forskellige afsnit.
Opgave5a: Beskriv eller tegn din/jeres opfattelse af opdelingen og funktionen af koden for simuleringen på whiteboard. Tag et billede af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt af 3) i filnavnet.
Opgave 5b: Prøv at lave en ændring i koden, som man kan se i simuleringen. Gem ændringerne fra T3 og T4 som en .nlogo fil med dit navn/gruppenavn på. Send den til konferencen/mail.
Forventet tidsforbrug: 60 min.
Nedenstående er kun udkast, og ikke arbejdsopgaver til eleverne.
Idéer til elevopgaver:
1. Giv tre mulige udgaver af en tilføjelse til programmet. Vælg den rigtige.
2. Giv en beskrivelse i tekst af en tilføjelse til simuleringen. Giv også en kode-del for denne tilføjelse – viser den det samme og hvorfor?
3. Hvilken del i modellen stemmer overens med, hvad vi ved om bioinformatik/cellemembranen?
4. Hvilken del i modellen stemmer ikke overens med hvad vi ved om bioinformatik/cellemembranen?
5. Giv et stykke kode. Bed eleverne beskrive med egne ord, hvad simulationen vil vise.
6. Hvilke elementer indeholder modellen? Vælg en af disse elementer. Hvilke egenskaber har elementet, og hvilke værdier (evt. Hvilken opførelse har elementet?)?
7. Hvilke elementer indeholder modellens interface? Hvad repræsenterer disse elementer?
8. Udforsk mulighederne i modellens interface: “hvis vi ændrer … til … ser vi at …”.
Bioinformatik (inspireret af Berland & Reiser (hhv. Texas og Northwestern), 2010: Classroom communities’ adaptation of the practice of scientific argumentation):
9. Kig på en specifik del af koden og beskriv den med pseudokode. Brug whiteboardet og tag et billede af den.
10. Vælg en anden gruppes billede. Argumentér for hvorfor denne gruppe har brugt netop denne pseudokode. Beskriv dette på arbejdsarket.
