Bioinformatik - Arbejdsopgaver

I det følgende refereres der til disse slides i DropBox: [PPT]

Tilbage til Bioinformatik hovedforløb.

Introduktion af NetLogo:

En kort introduktion til NetLogo og dennes tre faneblade. Der lægges vægt på designet af "interface" fanen og dennes  "Settings..." knap, mens "code" fanen blot vises til de studerende. Dette gennemgås ud fra en specifik simulering, som er lavet på forhånd.

”Fri leg”:

De studerende arbejder sammen to og to med den specifikke simulering i NetLogo (slide 3).

Introduktion af symboler og rutediagrammer:

(slide 4, 5, 6).

Brug af symboler og rutediagrammer:

• Whiteboards 1: De studerende skal beskrive aktiviteterne i et bioteknologisk eksperiment, som de har udført på forhånd (slide 5). Nedenfor er eksperimentet beskrevet som en øvelsesvejledning til venstre og et eksempel på en model af dette fra de studerende er vist til højre.

• Whiteboards 2: De studerende skal anvende de introducerede symboler til at beskrive et udvalgt stykke kode i NetLogo-simuleringen. Dette bliver udført på whiteboards og dokumenteret i form af billeder til senere evaluering (slide 7). Koden er vist til venstre og et eksempel på en elev-model til højre. Bemærk at den udvalgte kodestump indeholder både sekvens, iteration (while-statement) og selektion (if-statement). Endvidere indeholder koden naturligvis abstraktioner abstraktioner over fænomener og begreber fra problemområdet, omend dette ikke kan dyrkes/udstilles via den valgte notation (rutediagrammet).

Model, fag, interface og kode

Præsentation af specifikke opgaver der skal løses i NetLogos "settings" og i "code". Disse ændringer gemmes i en ny fil og afleveres til evaluering (slide 8).

Tilbage til Bioinformatik hovedforløb.