Bioinformatik-kort forløb - Arbejdsopgaver

Netlogo Intro:

Download NetLogo

Introducer faneblade (Interface, Info, Code) + settings (med koordinatsystem og antallet af patches) + speed + check-knap

Åbn model:

Fil med simulering:

Gem filen med simuleringen på computeren.

Forklar ”Setup” og ”add string”

Forventet tidsforbrug: 20 min.

”Fri leg” med simuleringen

Forventet tidsforbrug: 20 min.

Arbejdsopgaver:

Find nedenstående opgaver i dette dokument: XXX

Start simuleringen ved at trykke "Setup". Observer hvad der sker. Tryk dernæst på "Add string" og observer hvad der sker i simuleringen.

Opgave 1: Hvilke elementer indeholder modellen? Hvad repræsenterer disse elementer?

Forklar for hinanden (i grupper á 2) hvad der foregår i simuleringen og overvej om der er mangler elementer eller der er forkerte elementer. Tegn og skriv forklaringen på whiteboard. Brug så mange fagbegreber som muligt. Notér gruppens bemærkninger (f.eks. om der mangler elementer i modellen) på whiteboardet.

Tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "1") i filnavnet.

Opgave 2: Prøv at ændre antallet af DNAbaser i den nederste DNA streng til flere.

Opgave 3: Prøv at forbedre modellen ved at ændre basernes farve. Beskriv på whiteboardet hvorfor I har valgt netop disse farver og hvorfor det er en forbedring?

Tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "2") i filnavnet.

Opgave 4: Prøv at sætte hastigheden "normal speed" til "slower". Prøv derefter at trykke på "setup". Observer hvordan den nederste DNA streng bliver dannet. Tryk "setup" flere gange for at få et grundigt indtryk af hvordan den nederste DNA streng dannes. Hvilken del af koden under fanebladet "Code" beskriver dette? Hvorfor?

Skriv jeres svar på whiteboardet og tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "3") i filnavnet.

Opgave 5: En biolog/bioteknolog vil gerne have modellen til at simulere en DNA streng udelukkende med baserne "grøn, gul, hvid", som en streng af gentagelser i nævnte rækkefølge. Hvilken af de tre nedenstående kode-dele tror I, beskriver netop dette? Hvorfor?

to setup
 clear-all
 set basecolors [green yellow white]
 ask patches with [pycor = random max-pycor] [set pcolor one-of basecolors]
end

to setup
 clear-all
 set basecolors [green yellow white]
 ask patches with [pycor = 0] [set pcolor one-of basecolors]
end

to setup
 clear-all
 let current-x min-pxcor ; x-koordinat for første patch (kolonne).
 let last-x max-pxcor ; x-koordinat for den sidste patch (kolonne).
 while [current-x <= last-x] ; sålænge den aktuelle patch har en x-koordinat der er mindre end eller lig med den sidste patch, så...
 [
   ask patches with [pycor = 0 and pxcor = current-x] [set pcolor green]
   ask patches with [pycor = 0 and pxcor = current-x + 1] [set pcolor yellow]
   ask patches with [pycor = 0 and pxcor = current-x + 2] [set pcolor white]
   set current-x current-x + 3
 ]
end

Opgave 6: Prøv at kopiere den valgte kode-del ind i koden under fanebladet "Code" i stedet for den setup procedure der står der i forvejen. Check om den ønskede ændring sker i "Interface", når I trykker "Setup". Er det en relevant ændring i modellen i forhold til hvad I ved om bioinformatik? Hvorfor/hvorfor ikke?

Skriv jeres svar på whiteboardet og tag billeder af whiteboardet og gem det på konference/mail med jeres gruppenavn (efterfulgt at "4") i filnavnet.

Forventet tidsforbrug: 60 min.