Bioinformatik-kort forløb

Status & Planer

Dette forløb bygger på forløbet om "Bioinformatik" som er beskrevet under "Forløbsbeskrivelser". Materiale fra dette forløb kan også bruges i dette forløb, men det anbefales at bruge materialet som er beskrevet nedenfor, og som er udvalgt specifikt til dette korte forløb. Dette korte forløb tænkes afprøvet af skoler og lærere i fagene bioteknologi, biologi og/eller kemi.

Introduktion

• Hvad er intentionen med og motivationen for forløbet?
• Hvad er relevansen af forløbet i henhold til læreplanen (vær så konkret som muligt) og mere generelt?
• Giv en kort oversigt over hvad forløbet indeholder, hvorfor det valgte indhold og form, hvordan forløbet udføres, hvornår udføres de enkelte dele, og hvem udfører hvad (roller) i forløbet?

Forudsætninger

• De studerende arbejder med deres egne computere, hvorfor det forudsættes, at de kan installere NetLogo software på denne (alternativt findes der en webbaseret udgave af NetLogo).
• Adgang til små whiteboards, der bruges parvis til at lave modeller.
• Adgang til digital kamera/mobil mht. at uploade fotos af whiteboards.
• Der er ingen faglige forudsætninger indenfor hverken bioteknologi, biologi, kemi eller CT.
• I løbet af forløbet bliver de studerende bedt om at løse specifikke opgaver i NetLogo og om at gemme deres modeller som filer.

Aktiviteter & Materialer

• Beskriv forløbets indgående aktiviteter i detalje. Vær så konkret som muligt. Evt. varianter/alternativer beskrives i næste afsnit (refleksioner).
• Præsenter de indgående eksemplariske materialer (meget gerne som "Worked Examples")
  • Eksempler på modeller, kode, ... (evt. mellemformer der kan arbejdes videre på)
  • Eksempler på processer, tilblivelse af modeller, kode, ...
  • Videomateriale: f.eks. domænebeskrivelser (f.eks. landbrug)

Refleksioner over designet af forløbet ("undervisningsnoter")

• Rationale bag aktivitetsplan
• Videoer fra klasserummet
• Alternative (eller varianter af) lektionsplaner
• Didaktiske pointer/tips
• Hvordan måles målopfyldelsen?
• Eksamensspørgsmål: overvejelser & eksempler
• Erfaringer generelt

(20 min) Evt. Lektie (Arbejdsspørgsmål til: Bioinformatik og systembiologi - introduktion - af Johanne Keiding og Søren Brunak (biotechacademy.dk)) Hvad er bioinformatik Hvad kan bioinformatik bruges til? Hvilke andre fagområder er inddraget i bioinformatik?

(20 min) Intro om sammenligning af DNAsekvenser:

Om at sekventere det humane genome: TedED

Om at sammenligne DNA sekvenser: Bozeman Science (brug kun de første ca 4 minutter: fra 0:00 til 4:06).

DNA comparisons: Figur/artikel om menneskers beslægtethed med bl.a. aber: Scientific American

(20 min) Download af/Introduktion til NetLogo som program (tre faneblade, settings, speed, check…)

(20 min) Introduktion til/Fri leg med simulering:

Opgave/Task (T): T1: Forklar hinanden (2og2) hvad der foregår i simuleringen?. Tegn/skriv forklaringen på whiteboard. Brug gerne fagbegreber. Tag billeder af det. Notér gruppens bemærkninger (f.eks. problemer med simuleringen) på whiteboardet. T2: Prøv at ændre antallet af DNAbaser i den nederste DNA streng til flere. En af bekymringerne er måske problemer med farven på baserne, derfor: T3: Prøv at ændre basernes farve så man kan se den hvide ”dot” tydeligere. T4: Prøv at lave en ændring i koden, som man kan se i simuleringen. Gem ændringen fra T3 og T4 som en .nlogo fil med dit navn på. Send den til konferencen/mail.

Assessments/Evaluering: Whiteboards .nlogo-filer A1: Hvilke og hvor mange fagbegreber bruger eleverne? Bruges de i en korrekt faglig kontekst? A2: A3+A4: (kig på de “implemented changes in code”: er de succesfulde? Hvad viser de? Hvordan forholder de sig til det faglige indhold?